تاریخ، جهان حاضر و خیال. رمان در سه ساحت مختلف پیش می‌رود. اما رشته‌ای واحد، هر سه ساحت زمانی و مکانی را به هم پیوند داده و با طنز و تخیل عمیقی که به کار می‌گیرد، رابطه‌ی میان شخصیت‌ها و حوادث داستان را با هم پیوند می‌زند. مرشد و مارگاریتا نماد ادبیات سرکوب‌شده‌ی دوران کمونیسم شوروی است. بولگاکاف در این رمان، قدرت داستانسرایی و خیالپردازی شگفت‌انگیز خود را با وقایع زمانه و سرنوشت روشنفکران همعصرش در هم تنیده و یکی از مهم‌ترین رمان‌های قرن بیستم را آفریده است.
در رمان پیش رو سه خط داستانی مختلف با جریان یافتن در تاریخ، خیال و دنیای کنونی به موازات یکدیگر پیش می روند و تحت تاثیر یک موضوع با یکدیگر پیوند می خورند.
سردبیر یکی از نشریات وزین ادبی و رئیس یکی از انجمنهای مطرح ادبی، میخاییل آلکساندراویچ، و شاعری به نام ایوان نیکالایوچ با نام مستعار بی خانمان در یکی از روزهای بهار با یکدیگر همقدم می شوند و درباره ی عیسی مسیح به گفتگو می پردازند. میخاییل که وجود عیسی مسیح را نقض می کند، بعد از پیدا شدن یک غریبه و روایت بخشی از داستان مرشد درباره ی وجود مسیح، اندکی بعد طبق پیشگویی غریبه جانش را از دست می دهد. شاعر که این صحنه را می بیند، در یک بیمارستان روانی بستری می شود. حال ارتباطی میان او و مرشد شکل می گیرد که تمام باورهایش را زیرو رو می کند.