مقصود اسپینوزا در رساله الهی - سیاسی تفکیک حوزه دین از حوزه فلسفه است، بدان‌گونه که هر یک بتواند به راستی آنی باشد که هست. این یعنی خلاص دین از فلسفه، و از آن مهم‌تر خلاص فلسفه از دین. او برای هر یک از این دو رویکرد به عدالت و احسان جایگاه و جامعه‌شناسی خاصی قائل است.
به باور او خیر هر دو در این تفکیک است، و این خیر عام است، زیرا منجر به رفاه و امنیت مردم، و صلح و پایداری کشور می‌شود. این درست مغایر است با ادعای علم کلام؛ و به این ترتیب نافی تمامی نظراتی است که دین و فلسفه را معادل یا قابل تلفیق با هم می‌گیرند.
از نظر واقعیت تاریخی، بلافصل‌ترین مقصود اسپینوزا در نوشتن این متن تقویت آزادی اندیشه در جامعه هلند، به ویژه با تحدید قدرت کشیشان و جایگاه الهیات در امور دینی و سیاسی بود.
به باور وی، این قدرت‌ها عمدتا مسئول دامن زدن به تنش‌ها و خصومت‌های مذهبی بودند، و دهان و قلم اندیشندگان غیرمتعارف مانند خود اسپینوزا را می‌بستند.
مشخصا همت او بر آن بود تا با کاستن از قدرت رسمی کلیسا تا حدودی مسیری فراپیش خویش و دیگرانی که با وی همدلی می‌کردند بگشاید تا بتوانند آرای خویش را آزادانه در میان هم‌عصران خویش رواج دهند.
اما از آن مهم‌تر، وی امیدوار بود، و حتی انتظار داشت، که با این کارش به ایجاد جامعه‌یی آزادتر و با‌ثبات‌تر کمک کند.