در اعماق جنگل مرگ (محل برگزاری مرحله دوم امتحانات انتخابی نینجا)، ناروتو، ساسوکه و ساکورا همچنان در شوک حمله اوروچیمارو هستند... و اکنون باید با دست‌نشانده‌های این هیولای بی‌رحم، نینجاهای مرموز دهکده پنهان صدا، مبارزه کنند. در طول نبرد، ساسوکه با نیروی عجیبی که در درونش ایجاد می‌شود (که ناشی از علامت نفرینی است که اوروچیمارو روی گردنش به‌جا گذاشته و مانند عفونت پخش می‌شود) و ممکن است باعث مرگش شود، مبارزه می‌کند... این در حالی است که زمان شاگردان نینجا برای جمع‌آوری طومارهایی که برای قبولی در آزمون نیاز دارند، رو به پایان است!