جزیره‌ای اسرارآمیز، یتیم‌خانه‌ای متروکه، مجموعه‌ای غریب از یتیم‌هایی خاص و ویژه. همه این‌ها در خانه «خانم پرگرین برای بچه‌های خاص» در کنار هم آمده و داستانی فراموش نشدنی می‌سازند که با قصه و تصاویرش خواننده را در معرض تجربه‌ای غریب قرار می‌دهد. با آغاز داستان، یک تراژدی وحشتناک خانوادگی، جیکوب شانزده ساله را عازم سفری به جزیره‌ای دوردست در ساحل ولز می‌کند؛ جایی که با خرابه‌های خانه خانم پرگرین برای بچه‌های خاص مواجه می‌شود. جیکوب، در حال کشف راهروها و اتاق خواب‌های قدیمی اقامتگاه، متوجه می‌شود که بچه‌های خانم پرگرین، چیزی بیش از انسان‌هایی خاص و عجیب بوده‌اند. شاید خطرناک هم بوده‌اند. شاید به دلایلی منطقی در چنین جزیره دورافتاده‌ای قرنطینه شده بودند. و شاید؛ با وجود این‌که منطقی به نظر نمی‌رسد، هنوز زنده باشند.