جزیره‌ای اسرارآمیز، نوانخانه‌ای متروک، مجموعه‌ای از عکس‌های عجیب و غریب، تمام اینها در مجموعه بچه‌های عجیب و غریب خانم پرگرین انتظار شما را می‌کشند. تجربه‌ای فراموش‌نشدنی از رمانی همراه با تصاویر عجیب و غریب، درآغاز داستان، ماجرایی غم‌انگیز باعث می‌شود تا جیکوب شانزده ساله راهی جزیره‌ای در آن سوی آب‌های ولز شود. آنجا بقایای نوانخانه بچه‌های عجیب و غریب خانم پرگرین کشف می‌کند. جیکوب پس از تماشای اتاق‌ها و راهروهای نوانخانه ، به این نتیجه می‌رسد که شاید بچه‌های خانم پرگرین چیزی فراتر از بچه‌های عجیب و غریب بوده‌اند. شاید آنها خطرناک بوده‌اند، یا شاید آنها را بنا به مصلحت در چنین جزیره متروکی زندانی کرده بودند و شاید هم، هر چند باورش سخت است، هنوز هم زنده باشند...