تاريخ، جهان حاضر و خيال. رمان در سه ساحت مختلف پيش مي‌رود. اما رشته‌اي واحد، هر سه ساحت زماني و مكاني را به هم پيوند داده و با طنز و تخيل عميقي كه به كار مي‌گيرد، رابطه‌ي ميان شخصيت‌ها و حوادث داستان را با هم پيوند مي‌زند. مرشد و مارگاريتا نماد ادبيات سركوب‌شده‌ي دوران كمونيسم شوروي است. بولگاكاف در اين رمان، قدرت داستانسرايي و خيالپردازي شگفت‌انگيز خود را با وقايع زمانه و سرنوشت روشنفكران همعصرش در هم تنيده و يكي از مهم‌ترين رمان‌هاي قرن بيستم را آفريده است.
در رمان پيش رو سه خط داستاني مختلف با جريان يافتن در تاريخ، خيال و دنياي كنوني به موازات يكديگر پيش مي روند و تحت تاثير يك موضوع با يكديگر پيوند مي خورند.
سردبير يكي از نشريات وزين ادبي و رئيس يكي از انجمنهاي مطرح ادبي، ميخاييل آلكساندراويچ، و شاعري به نام ايوان نيكالايوچ با نام مستعار بي خانمان در يكي از روزهاي بهار با يكديگر همقدم مي شوند و درباره ي عيسي مسيح به گفتگو مي پردازند. ميخاييل كه وجود عيسي مسيح را نقض مي كند، بعد از پيدا شدن يك غريبه و روايت بخشي از داستان مرشد درباره ي وجود مسيح، اندكي بعد طبق پيشگويي غريبه جانش را از دست مي دهد. شاعر كه اين صحنه را مي بيند، در يك بيمارستان رواني بستري مي شود. حال ارتباطي ميان او و مرشد شكل مي گيرد كه تمام باورهايش را زيرو رو مي كند.